Le dispositif Natura 2000 se compose de plusieurs outils pour permettre aux différents acteurs du territoire d'agir pour la préservation du site. Il y a trois grands types d'outils:
1- La Charte Natura 2000
La charte est constituée d’une liste d’engagements et de recommandations (bonnes pratiques) par grands types de milieux (prairies humides, formations boisés non forestières…)
Les signataires sont les propriétaires et les exploitants de terrains inclus dans un site Natura 2000.
Dans le cadre du bail rural, une adhésion commune est à privilégier entre le propriétaire et le preneur.
Ainsi, les signataires marquent leur adhésion à la démarche Natura 2000 et s’engagent vers des pratiques de gestion en adéquation avec les enjeux du territoire (référence au DOCOB). En contrepartie, ils seront exonérés de la Taxe Foncière sur les Propriétés Non Bâties (TFPNB), sur l’ensemble des parcelles engagées. L’adhésion est d’une durée de 5 ans.
Cet engagement souscrit via la charte (« de bonnes pratiques ») ne donne pas lieu à rémunération, il s'agit de "faire reconnaître" ou de "labelliser" cet gestion qui permet le maitien des habitats/espèces remarquables du site. https://www.pays-de-la-loire.developpement-durable.gouv.fr/article.php3?id_article=735
La charte du site des Basses Vallées Angevines fait actuellement l'objet d'une mise à jour pour 2021. Elle n'est donc pas proposée actuellement.
2- Les contrats Natura 2000
Ils sont directement signés entre l’Etat et le propriétaire ou l’exploitant des parcelles inclues dans le périmètre Natura 2000. Les contrats Natura 2000 peuvent être mobilisés par le propriétaire ou l'expoiltant.
Les actions engagées dans les contrats sont des mesures de conservation ou de restauration qui sont déclinées dans les cahiers des charges prévus par le DOCOB (Document d'Objectifs) approuvé. Les contrats permettent d’indemniser le signataire pour service rendu sur ses parcelles pour une durée de 5 ans géréralement.
Il existe trois types de contrat:
- les contrats agricoles : les Mesures Agro-Environnementales (MAE) et climatiques permettent de répondre à des menaces localisées ou de préserver des ressources remarquables. Les MAEc sont destinées à toute personne exerçant une activité agricole et dont les parcelles sont situées dans le territoire. Les agriculteurs qui s’engagent, adaptent leurs pratiques agricoles à des enjeux environnementaux identifiés.
Les cahiers des charges des MAEc sont définis de façon spécifique en fonction des enjeux environnementaux du territoire considéré. Ils sont élaborés par l’opérateur et l’animateur du site Natura 2000 et validés par le Comité de pilotage et la Commission Régionales Agro-environnementales. L'engagement des MAEc donne droit à une compensation financière qui est croissante en fonction de la contrainte du cahier des charges. Exemple: une fauche retardée au 20 juin est moins rémunérée qu'une fauche au 20 juillet.
- les contrats forestiers prmettent d'indemniser des opérations de gestion non productives favorables aux habitats et aux espèces (création ou rétabliessement de clairières ou de landes, travaux de marquage, d'abattage ou de taille sans enjeu de production...) ou un manque à gagner ou un surcroit our des opérations sylvicoles apportant une véritable plus-value écologique (dispositif favorisant le développement de bois sénescents...). Les actions sont financées soit sur devis (avec un motant plafond), soit selon un barème régional fixé par Arrêté perfectoral.
- les contrats ni agricoles ni forestiers appelés aussi contrat "ni-ni", permettent de réaliser des travaux de restauration ou de gestion écologique dans un but non productif sur tous types de milieux non agricoles ou non forestiers, sur les parcelles incluses dans le périmètre du site N2000. Ces contrats sont financés sur la base du coût total éligible des travaux, réalisés sur la base d'un cahier des charges.
3- L'Evaluation d'incidence
Il s'agit d'un dispositif réglementaire ayant pour but de vérifier la compatibilité d'une activité ou projet avec les objectifs fixés dans le DOCOB. Il doit définir en amont si le projet peut avoir un effet significatif sur les espèces ou habitats à enjeux du site. Il s'articule autour de trois listes dites positives, qui au lieu d'interdire ou limiter de façon automatique, proposent de soumettre à évaluation d'incidences, un certain nombre de documents de planifications, programmes, activités, travaux, aménagements, installations, manifestations dans les milieux naturels au sein ou à proximité du site Natura 2000. Il fait ainsi l'objet d'une instruction du service de la Direction Départementale des Territoires (DDT) du département concerné.